Khi thành lập, khu vực Cúc Phương có khoảng 5.000 người sống trong vùng lõi, hiện vẫn còn khoảng 2.000 người sống dọc theo bờ sông Bưởi bên trong vườn. Khoảng trên 50.000 dân sống ở vùng đệm của vườn, phần lớn sống phụ thuộc vào các nguồn tài nguyên bên trong vườn[5]. Lâm sản bị khai thác mạnh nhất là gỗ và củi. Việc thu hoạch ốc, nấm, măng làm thức ăn cũng như việc đi lấy thân chuối làm thức ăn gia súc diễn ra thường xuyên[17]. Hoạt động săn bắn và bán động vật hoang đã làm suy giảm nghiêm trọng số lượng các loài thú, chim và bò sát trong vườn. Một số loài thú lớn như hổ, vượn đen má trắng đã tuyệt chủng ở Cúc Phương do sức ép từ các hoạt động săn bắn và diện tích của vườn là quá nhỏ không đáp ứng được yêu cầu bảo tồn các loài này.

Về khai thác du lịch, một lượng lớn du khách đến Cúc Phương cũng tạo khó khăn với việc quản lý. Hoạt động của vườn lại quá tập trung vào việc phát triển du lịch cũng làm giảm hiệu quả của công tác bảo tồn đa dạng sinh học. Việc xây dựng các hồ nhân tạo trong vườn cũng dẫn đến một số khoảnh rừng bị phát quang và làm thay đổi chế độ thủy văn của vùng.

Hiệp hội động vật học Frankfurt cùng Bộ Lâm nghiệp Việt Nam đã thành lập Trung tâm Cứu hộ Linh trưởng nguy cấp (EPRC) ở Cúc Phương năm 1993[18] nhằm nuôi nhốt, gây giống và nghiên cứu đối với các loài vượn, cu li và voọc của Việt Nam. EPRC nhận linh trưởng từ các cơ quan nhà nước tịch thu từ những đối tượng buôn bán trái phép động vật hoang dã để chữa trị và chăm sóc tại Trung tâm. Cúc Phương cũng là nơi triển khai Chương trình Bảo tồn thú ăn thịt và Tê tê (CPCP) và Chương trình bảo tồn rùa. Tính đến năm 2004 trại nuôi cầy vằn đã có 28 cá thể, trong số đó 20 con đã ra đời trong trại. Sáu cặp cầy vằn đã được gửi đi Anh để tạo quần thể gây giống và sáu cặp nữa sẽ được gửi sang Mỹ với cùng một dụng ý[19].

Dự án bảo tồn Cúc Phương (CPCP) đã được Tổ chức Bảo tồn Động Thực vật hoang dã Quốc tế thực hiện từ năm 1996 đến năm 2002. Phối hợp với các tổ chức hữu quan tại Việt Nam, FFI chương trình Việt Nam đã thực hiện dự án do World Bank và GEF tài trợ có tên gọi là "Dự án bảo tồn cảnh quan núi đá vôi Pù Luông-Cúc Phương" đã thực hiện trong giai đoạn 2002-2005 nhằm bảo vệ vùng núi đá vôi cũng như các loài hoang dã sống thông qua việc thành lập một khu bảo vệ mới, tăng cường năng lực cho các đơn vị liên quan. Dự án còn tăng cường hiện trạng bảo tồn các loài voọc mông trắng và kêu gọi, xây dựng sự ủng hộ từ cộng đồng trong công tác bảo tồn vùng núi đá vôi.